Fondata nel 387 a.C. da siracusani, i quali a loro volta erano coloni greci di origine dorica, da cui l'appellativo di Ankon Dorica (ankon=gomito descrive la topografia della città rispetto al mare). Godette dapprima del momento di espansione commerciale dei fondatori, i quali erano alleati dei vincitori della guerra del Peloponneso (Sparta vince su Atene) contrariamente a Numana.
Successivamente fu favorita dalla espansione di Roma, avversaria dei cartaginesi e degli etruschi, come gli stessi siracusani, e che inoltre vedeva Ancona come baluardo nei confronti dei Galli Senoni, stanziatisi a nord dell'Esino.
La città greca, con tanto di agorà, foro, anfiteatro e terme oltre ai commerci marittimi, produceva porpora e batteva moneta. Con la romanizzazione del Piceno Ancona assume importanza militare quale base navale. E' il polo più importante della 5a regione ma con Traiano diventa particolarmente importante per le sue imprese in Dacia: il porto viene rifatto, e la città espansa. Il senato fa erigere un arco trionfale in onore dell'imperatore all'interno del porto ed una statua bronzea (ora presso porta Pia)
Con la disgregazione dell'impero romano Ancona è assediata dai Goti due volte in pochi anni, saccheggiata dai Longobardi, si sottomette alla Chiesa per cercarne la protezione, ma non può sottrarsi alle lotte tra papato e impero, e deve subire il saccheggio dei Saraceni nel 839 d.C.. Dopo il 1000 Ancona riprende i traffici marittimi e diventa Repubblica Marinara: è il suo periodo d'oro: fa guerra e vince i comuni vicini, alimenta traffici con Costantinopoli. sostiene vari assedi, si oppone tra gli altri a Federico Barbarossa ed alla flotta veneziana.
Lotta contro gli Sforza, i D'Aragona, i turchi e dimostra la grande vitalità dei suoi abitanti, armatori, mercanti, navigatori, artigiani .
La città era veramente cosmopolita, infatti vi erano anche mercanti originari di altre località italiane, soprattutto di Firenze, ed estere provenienti in gran parte dal Levante (turchi, armeni, greci, slavi, oltre ad una forte comunità ebraica e una nutrita colonia di ragusei).
Occupata dai Malatesta e poi sottoposta al legato pontificio cardinale Albornoz il popolo ne prende d'assedio la rocca e la distrugge. Attorno al 1500 affronta dure guerre con Osimo e poi Jesi. Nel 1532 Papa Clemente VII fa occupare la città che non reagisce più ed una sollevazione del 1534 è duramente repressa. Finisce l'epoca di libero comune e repubblica marinara.
Ancona, persa la sua libertà, diventa suddita dello Stato della Chiesa, che ne voleva fare baluardo contro la minaccia turca. (quindi militare più che commerciale). Esiliati o giustiziati i rappresentanti delle famiglie più potenti, segue una grave crisi economica e la città si spopola fino a toccare il limite minimo dei soli 7000 abitanti. Si corre ai ripari: nel 1732 si istituisce il porto franco, si restaura il porto e si fa costruire il Lazzaretto (Vanvitelli). Nel 1797 Napoleone entra in città con l'entusiasmo dei giacobini e degli ebrei, ma l'entusiasmo dura poco: nel 1799 russi, turchi, austriaci assediano la città e scacciano i francesi, i quali nel frattempo si erano impadroniti di opere d'arte d'ogni sorta e di tributi. Dopo alterne predominanze tra papato e francesi con la restaurazione del 1815 si stabilizza il potere papale. Nel 1817 la Carboneria tenta una congiura ma fallisce. La storia moderna si identifica con l'Italia.