Il Santuario di Assisi è una delle più antiche chiese gotiche sul suolo italiano; la costruzione della basilica era da poco terminata che già ebbe inizio la decorazione pittorica. Giustamente fu detto che "architettura e pittura formano un'unità inscindibile": infatti gli affreschi, previsti fin da principio, fanno parte dell'architettura della chiesa.
Nessun'altra Chiesa può, da questo punto di vista, reggere il confronto con la Basilica di Assisi. Le ampie superfici sulle pareti di entrambe le chiese sovrapposte parevano create appositamente per accogliere il poema pittorico che riveste oggi l'interno della Basilica.
Il complesso basilicale si compone di due chiese sovrapposte - l'inferiore (1228-1230) e la superiore (1230-1253) - e una cripta, scavata nel 1818, con la tomba del Santo. Si accede alla prima dalla Piazza inferiore, delimitata da un portico del '400. Il bel portale gemino sormontato da tre rosoni. La pianta è a doppia T. La decorarono i maggiori pittori del '200-'300: Cimabue, Giotto, i Lorenzetti, Simone Martini. Stupende le vetrate di Giovanni di Bonino e Puccio Capanna.
La Chiesa superiore, ad una navata, è impreziosita dagli affreschi di Giotto che illustrano la vita del Santo. Vi sono pure opere di Cimabue, Cavallini, Torriti e un coro ligneo di fine '400.
Il carattere ufficiale della Chiesa superiore quale luogo delle solennità liturgiche è corroborato dalla presenza del trono papale nell'abside.
La Chiesa inferiore, invece , assumeva nella struttura architettonica del complesso la funzione tipica di "cripta", cioè di mausoleo eretto sul sepolcro di un Santo, come nelle antiche chiese paleocristiane. Solo più tardi, nel 1749 ,sotto il pontificato di Benedetto XIV, fu eretto anche nella Chiesa inferiore un secondo trono papale per privilegio. A titolo di giustificazione sia detto che quasi al principio della sua esistenza furono aperte nella cripta diverse cappelle laterali. Moltiplicandosi il numero degli altari, si moltiplicò pure il numero delle messe celebrate, che ben preso superò quello della Chiesa superiore.
Nel convento, assai notevole è il Tesoro con rari codici miniati, dipinti, reliquiari, arazzi, arredi sacri e paliotti. Interessantissima è la collezione Perkins, qui annessa.

Sulla Piazza Santa Chiara, davanti ad un balcone naturale che si affaccia sulla valle Umbra, con scorci panoramici che comprendono il vasto territorio tra Perugia e Spoleto, si innalza la Basilica dedicata alla Santa di Assisi. La costruzione risale alla metà del Duecento e la consacrazione porta la data del 1265.
Lo stile gotico, assai dimesso per l'adesione al puro spirito francescano, si evidenzia nella facciata a strisce orizzontali di pietra rosa e bianca, sulla quale si staglia un raffinato rosone a doppio circolo di colonnine. Gli arconi laterali sono stati inseriti nel Trecento per fornire maggiore stabilità all'edificio.
Il portale alla destra di quello principale faceva parte di un precedente tempio dedicato a San Giorgio, nel quale era stato inizialmente ospitato il corpo di San Francesco.
L 'interno, ad una sola navata, si presenta piuttosto spoglio, ma un tempo le pareti erano ampiamente decorate, come testimoniano resti di affreschi recuperati nella controfacciata. Di particolare interesse sono la Cappella del Crocifisso , contenente la Croce che parlò a Francesco, e quella del Sacramento , ricca di affreschi della scuola di Giotto raffiguranti scene della morte e della resurrezione del Cristo oltre ad altre immagini di San Giorgio e della natività di Gesù.
I due bracci del transetto ospitano notevoli opere pittoriche; di rilievo è la Tavola del Maestro di Santa Chiara con la grande immagine della Santa affiancata da otto riquadri con alcune scene di vita della stessa.
Dalla navata si accede alla cripta che contiene le spoglie della Santa.

E' uno dei luoghi sacri per eccellenza. I biografi narrano che all'inizio della conversione Francesco amava trascorrere qui alcune ore in meditazione e in preghiera.
Il Crocifisso, poggiato sulle pareti rovinate della cappellina, trasferì all'uomo questo messaggio: "Va', ripara la mia casa che cade in rovina". E Francesco iniziò dalla sistemazione delle pietre.
Tra il 1211 e il 1253 visse a San Damiano Chiara d'Assisi. Vi soggiornò per un breve periodo anche il Santo, durante gli ultimi mesi della sua esistenza. Qui stanco e malato, compose il Cantico delle Creature, un brano di altissimo valore lirico e spirituale.
Episodi prodigiosi contrassegnarono la lunga permanenza di Chiara d'Assisi: guarigioni, visioni, moltiplicazione dei pani e la fermata dei Saraceni.
Il complesso di San Damiano si compone della Chiesetta, semplice e raccolta, contenente una copia del Crocifisso che parlò a Francesco.
Direttamente dalla chiesa si accede all'antico monastero delle Clarisse e si segue un percorso che conduce ai luoghi di preghiera di Chiara, all'oratorio, al dormitorio, al chiostro, al refettorio e all'infermeria.

Il tempio è stato innalzato su preesistenti edifici di culto costruiti per ospitare le spoglie del martire Rufino.
L'attuale chiesa si deve alla volontà del vescovo Clarissimo.
E' considerata uno dei monumenti più significativi dell'arte romanica in Umbria.
La facciata è suddivisa in tre sezioni: su quella inferiore si aprono i tre portali in pietra finementi lavorati e alla cui base poggiano leoni e grifi; su quella centrale, divisa dalla precedente da una fila di colonnine, si stagliano i tre rosoni: interessantissimo è quello mediano che sembra sorretto da tre telamoni e contornato dai simboli dei quattro Evangelisti. Sulla parte sinistra si innalza il campanile a basa quadrata eretto nell'XI secolo.
L'interno, a tre navate, non corrisponde alla grandezza della facciata, ma di particolare fascino risultano essere le Cappelle del Sacramento e della Madonna del Pianto e il Museo Capitolare con ricca collezione di arredi sacri e dipinti.
Assai suggestiva è l'area che si sviluppa al di sotto della cattedrale, in cui si possono ammirare la cripta di un precedente edificio, il sarcofago che conteneva le spoglie di San Rufino, un pozzo profondo 28 metri e i resti di un chiostro di epoca carolingia.
Nella zona alta della città,salendo dalla piazza del Comune, per via San Rufino, si giunge davanti a una piazza rettangolare su cui si erge in un impareggiabile scenario, solenne e maestosa, la Cattedrale di San Rufino. E' una chiesa in stile romanico umbro. Venne iniziata nel 1140 «essendo priore Raniero», ne fu architetto Giovanni da Gubbio. Gregorio IX ne consacrò tutta la chiesa.
Destinata a custodire le spoglie del vescovo Rufino, martirizzato a Costano e che governò la chiesa di Assisi nel terzo secolo, questa è la terza chiesa consacrata al santo dopo il sacello del V secolo e quella del vescovo Ugone del secolo XI.

La Piazza del Comune è il luogo di incontro della comunità assisana. Su di essa si innalzano edifici di epoche diverse. Il monumento di maggiore spicco è la Chiesa di Santa Maria sopra Minerva, ricavata da un tempio romano del I secolo, tramandatoci in ottime condizioni.
Se ne ammira il colonnato del fronte, la scalinata e il timpano. A fianco si eleva la Torre del Popolo (XIII sec.), sormontata dalla Campana delle Laudi, e a sinistra insiste il Palazzo del Capitano del Popolo, edificato nel 1282.
Nell'ala opposta della piazza è il Palazzo dei Priori, sede del Comune, costituito da tre corpi edificati in epoche diverse.
La parte più antica è quella dove ha sede la Pinacoteca Comunale, attualmente non agibile a causa dei danni subiti dal sisma del 1997. Essa conservava notevoli esempi di pittura umbra e di scuola giottesca.
La Fontana, a pianta ottagonale, è del 1762.

La Rocca Maggiore, posta a guardia della città, è stata edificata, nella sua struttura attuale, nella seconda metà del XIV secolo.
Ispiratore fu il cardinale Egidio Albornoz, abile stratega, che riuscì, nel volgere di alcuni anni, a riorganizzare l'intero sistema difensivo dello Stato della Chiesa.
Lo scopo era non soltanto quello di costruire una rete ideale di comunicazioni e difesa, ma anche di mostrare l'efficienza dell'esercito papale davanti a velleitarie idee di attacchi.
L'Albornoz sfruttò la struttura di una fortezza preesistente, che tra l'altro aveva ospitato, in gioventù, Federico II di Svevia, apportando numerose modifiche ed ampliamenti.
Con il tempo, cessato l'allarme di possibili incursioni militari, la costruzione cadde nell'oblio, ma fu miracolosamente salvata da indebite spoliazioni. Attualmente la Rocca è interessata da lavori di ristrutturazione, anche in seguito ai danni subiti durante il sisma del settembre 1997, al fine di un completo recupero e di un utilizzo a fini museali ed espositivi.

Santa Maria degli Angeli deve il suo sviluppo urbanistico alla Porziuncola, alto simbolo del francescanesimo. Vi era, nel bosco della pianura d'Assisi, un piccolo edificio religioso, una cappellina di proprietà dei benedettini, che dal 1208 divenne culla e riferimento del movimento ideato dal Poverello. Intorno alla Porziuncola sorsero ben presto capanne per il ricovero dei frati che da qui partivano e si davano appuntamento al ritorno da ogni viaggio di predicazione.
Nel 1216 venne accordata, da Onorio III, l'Indulgenza della Porziuncola, il cosiddetto Perdono di Assisi per chi, pellegrino e pentito, varcava le soglie del tempietto. Con il tempo venne costruito un convento e il luogo fu visitato da un numero sempre maggiore di persone.
Nella seconda metà del secolo scorso la costruzione della ferrovia dette impulso allo sviluppo edilizio e artigianale, dando l'avvio anche ad una prima forma di turismo religioso di massa.
Al centro di Santa Maria degli Angeli spicca la poderosa mole della Basilica Patriarcale, iniziata su progetto di Galeazzo Alessi nel 1569, uno dei templi più grandi della cristianità.
La sua costruzione subì notevoli ritardi anche a causa di alcune polemiche tra due frange contrapposte di frati: tra quelli che disdegnavano i fasti nelle chiese e quelli che intendevano rappresentare degnamente la grandezza di Francesco.
Alla fine del Seicento l'edificio poteva considerarsi concluso. Nel 1832 una violenta scossa di terremoto provocò ingenti danni.
L'attuale facciata è stata innalzata negli anni Venti del nostro secolo, sormontata dalla statua della Madonna, coperta di un bagno d'oro.
L'interno rivela tutta la sua ampiezza e luminosità, suddiviso in tre navate e decorato da stucchi e rilievi. Al centro del transetto sorge la Porziuncola, una piccola costruzione in pietra che nel corso dei secoli non ha subìto alcuna variazione strutturale.
Sono stati aggiunti, invece, alcune decorazioni pittoriche e il pinnacolo sul culmine del tetto. L'affresco posizionato sulla parete anteriore, sul tema dell'Indulgenza del Perdono, è stato compiuto nel 1830 da Federico Overbek mentre quello situato sopra la piccola abside è oggetto di attribuzione.

Aggrappato in una delle fenditure naturali che si aprono sul versante occidentale del Monte Subasio, l'Eremo delle Carceri è uno dei luoghi francescani più pregni di misticismo e di ricordi.
La montagna, che si eleva sino a 1290 metri, era un tempo ricca di boschi e di piccoli romitori, luoghi dediti alla contemplazione e al recupero dello spirito.
Tra questi un significato particolare riveste l'Eremo delle Carceri, frequentato da Francesco e dai suoi seguaci. Vi salivano spesso dalla città o dal ritorno dai viaggi di apostolato per ritrovare pace e ritemprare lo spirito.
Una teoria di piccole costruzioni, aggiunte l'una all'altra nel corso dei secoli, rappresentano un unicum originale e gradevole, immerso in un fitto bosco di elci e querce. Parte degli edifici si affacciano a strapiombo sul Fosso delle Carceri, superato da un ponte che immette sul sentiero ove sono situate le cosiddette grotte dei compagni di Francesco (Rufino, Masseo, Antonio, Bernardo, Andrea, Egidio e Silvestro). In prossimità del ponte si nota il Leccio che la tradizione indica essere quello sul quale si sarebbero posati gli uccellini in attesa di ricevere le parole del Santo. La visita della parte monumentale ha inizio dal cortiletto d'ingresso e prosegue su un itinerario che conduce al refettorio, alle celle, alla chiesetta di San Bernandino, alla Cappella di Santa Maria delle Carceri, alla grotta di San Francesco e all'oratorio e continua con il conventino di San Bernardino e la Cappellina della Maddalena.

Il tempio è stato innalzato a partire dalla fine del X secolo e notevolmente rimaneggiato nel Duecento.
E' uno degli edifici più interessanti per la purezza dello stile romanico.
La facciata è spartita da lesene verticali e da una decorazione ad archetti appena accentuati.
La sezione inferiore è contrassegnata da due porticine laterali e dal portale principale di semplice fattura e anticipato da due leoni in pietra.
La sezione superiore si compone di tre rosoni di cui l'intermedio è a doppio giro di colonnine.
Superato l'ingresso si accede in un ambiente austero e piuttosto spoglio, suddiviso in tre navate da possenti pilastri. La zona presbiteriale è elevata rispetto al piano della navata.
Per alcuni secoli le pareti furono ricoperte da decorazioni e stucchi rimossi soltanto nella metà del Novecento.